CONGREGACIÓN DE LOS ÁNGELES CUSTODIOS
	A lo largo de su vida, la Beata Rafaela abrió numerosos centros y albergues para jóvenes pobres en especial, que después cedía a órdenes religiosas y que se corresponden con muchos colegios bilbaínos de la ciudad. Su caridad la empuja a una actividad continua. Es una caridad que no se conforma con remediar las  necesidades inmediatas, por eso promueve toda clase de iniciativas sociales orientadas a socorrer de forma efectiva las carencias producidas por una sociedad insensible a las necesidades de los más pobres. Todo ello, iba madurando en su interior con una fuerte  vida espiritual. Tanto en la oración como en la eucaristía diaria, encontraba el impulso para acometer sus obras de caridad.
	Por ello, en el año 1894, tras mucho meditar y haber consultado con su director espiritual, Rafaela Ybarra, apoyándose en 3 seguidoras suyas, decidió fundar una congregación religiosa, pese a la condición laica de Rafaela. El objetivo de esta congregación era proporcionar un hogar y una educación a las jóvenes que, atraídas desde las zonas de campo por el resplandor del Bilbao industrial, llegaban en busca de trabajo y por ignorancia e inexperiencia se veían expuestas a diversos peligros. Observando paralelismos entre su labor y la de los ángeles de la guarda, la Beata Rafaela nombró a su fundación la Congregación de los Ángeles Custodios. La primera obra externa de la nueva Congregación vería la luz el 2 de Agosto de 1897, coincidiendo con la fiesta de Nuestra Señora de los Ángeles, cuando comenzó la construcción del Colegio Ángeles Custodios situado en Zabalbide, Bilbao. Finalmente, el colegio quedó inaugurado el 24 de Marzo de 1899. Tras el fallecimiento de Rafaela el 23 de Febrero del año siguiente, sin poder ver los frutos de su obra que con tanto cariño y esfuerzo había realizado, su fundación prosiguió el camino que ella había comenzado. Actualmente, la fundación sigue creciendo y extendiéndose, no sólo por España, sino que también por Italia o America Latina, que es el lugar donde se concentran ahora la mayoría de sus colegios.